Les religieux des Carmes se fixèrent à Montauban dans la seconde moitié du 13e siècle et furent autorisés, en 1280, à rebâtir leur monastère en dehors de la ville, entre Le Tescou et le mur d’enceinte.

Les bâtiments furent détruits pendant les guerres de religion, et l'ordre chassé de la ville vers 1561. Après l'édit de Pacification, en 1631, les Carmes obtinrent le rétablissement dans leur fonds et commencent la reconstruction de leur ensemble conventuel. Ils reçoivent une aide financière importante de l'intendant Foucault. La pose de la première pierre date de 1637, l'église est terminée en 1682, alors que l'ensemble ne l'est qu'en 1717, le cloitre fût achevé en 1713.

Après la signature de l'édit de Tolérance en 1787, les protestants cherchent un lieu de culte. A la Révolution, le site ayant été abandonné sous la contrainte par les Carmes, la chapelle des Carmes est achetée par un négociant protestant, M. Antoine Bernard Lauzet. Le 20 janvier 1793, Jeanbon Saint-André, pasteur et conventionnel, obtient la remise officielle aux protestants de la chapelle qui devient Temple des Carmes.

Le Temple en briques se compose d'une nef terminée par un chœur à cinq pans et couverte de croisées d'ogives. Les travées sont séparées par des pilastres doriques. Le chœur est couvert par une voûte à six branches. Huit chapelles bordent la nef, également voûtées de croisées d'ogives. Une tribune reposant sur 4 piliers implantés sur le péristyle accueille l’orgue.

Le Temple est classé parmi les Monuments historiques depuis le 29 octobre 1971.

L’orgue du temple des Carmes (datant d’environ 1800) fut acheté par la paroisse en 1850. Cet instrument signé « FEUGA » de Toulouse par une plaque sur la console, comportait primitivement un clavier de neuf jeux ; il lui fut adjoint un récit expressif de quarante-deux notes et une pédale de dix-huit notes. La composition du grand orgue a été également remaniée. Ce fut probablement effectué lors d’un relevage par les établissements PUGET de Toulouse en 1861.

Les ans passèrent, une rénovation s’imposait et entre 1973 et 1977, Claude Armand, facteur d’orgues à Foix, lui permit de recouvrer ses qualités sonores après une reprise complète. Cet instrument a alors deux claviers, dix-sept jeux et un pédalier complet. Il est considéré comme un orgue de valeur pour la qualité de ses jeux.

Cependant, à la suite de l’affaissement du péristyle en 1993, l’orgue dut être démonté pour pouvoir effectuer les travaux de consolidation du sous-sol. Il fut confié pour une restauration et un remontage sur la tribune aux frères PESCE, facteurs d’orgues à Pau.